در حکم رهبرانقلاب برای موسسه آموزشی پژوهشی امام خمینی(ره) مطرح شد:
برکات این مؤسسه ی مبارک باید بر اساس اهداف ترسیم شده به وسیله ی خود آن عالم فقید دنبال شود/ مدیریت این موسسه به تبعیت از تشخیص و تصمیم مرحوم آیت الله مصباح بر عهده ی حجت الاسلام محمود رجبی باشد
حضرت آیت الله خامنه ای رهبر انقلاب در حکمی برای تشکیل هیأت امنای مؤسسه آموزشی پژوهشی امام خمینی، تاکید کردند: مؤسسه آموزشی پژوهشی امام خمینی رحمه الله علیه یادگار ارزنده و پر برکت عالم فقیه و مجاهد مرحوم آیت الله مصباح یزدی است. برکات این مؤسسه ی مبارک باید بر اساس اهداف ترسیم شده به وسیله ی خود آن عالم فقید دنبال شود.
بسم الله الرحمن الرحیم
مؤسسه آموزشی پژوهشی امام خمینی رحمه الله علیه یادگار ارزنده و پر برکت عالم فقیه و مجاهد مرحوم آیت الله مصباح یزدی است. برکات این مؤسسه ی مبارک باید بر اساس اهداف ترسیم شده به وسیله ی خود آن عالم فقید دنبال شود.
بدین منظور لازم است هیأت امنائی متشکل از حجج اسلام آقایان حاج شیخ محمود رجبی، حاج شیخ غلامرضا فیاضی، حاج شیخ محمود محمدی عراقی، حاج شیخ علی مصباح یزدی و حاج شیخ مجتبی مصباح یزدی تشکیل گردد و مدیریت آن به تبعیت از تشخیص و تصمیم مرحوم آیت الله مصباح بر عهده ی حجهالاسلام آقای حاج شیخ محمود رجبی بوده باشد.
توفیقات حضرات آقایان را از خداوند متعال خواستارم.
سید علی خامنه ای، ۹۹/۱۱/۱۹