تا زمانی‌که نهضت ادامه داشته‌باشد، مبارزه نیز ادامه خواهدیافت؛ تا زمانی هم که مبارزه ادامه‌داشته باشد، انقلاب در مسیر الهی به حرکت افتاده و به سمت دیگری جز پیروزی منحرف نخواهد شد. بی‌شک این چیزی نیست که ساده‌انگارانه بتوان آن را امری محتمل دانست و سهل و آسان بدست‌آورد. هنر مردان خدا است که مردم را در مسیر الهی هدایت کرده و ایشان رادر طریقی درست رهنمون کنند.
هنر ایشان است که نیت مبارزه را در قلوب یکایک انقلابیون تثبیت کرده تا نهضت ادامه یابد؛ هنر ایشان است که با تبیین علل و آوردن مصادیق، به شکلی منطقی و عقلانی، مشق سرنگونی طاغوت را به مثابه‌ی تکلیفی الهی برای مومنین نهادینه کنند؛ و نهایتا این تصمیمات هم زمانی به نتیجه منتهی می‌شوند که نهضت با مختصات گفته‌شده در مسیر الهی طی طریق کند. ونتیجه هم آن است که انقلاب به وقوع پیوسته و طاغوت در این مبارزه‌ی الهی سرنگون شود.
آنچه‌که از همه‌ی این‌ها مهمتر است به پسانهضت و سقوط شاه مربوط می‌شود؛ به اینکه پس از پیروزی انقلاب با چه طرح و قانونی باید جامعه را اداره کرده تا به نحو اکمل اسلام در آن پیاده شود. به اینکه راه جایگزین چیست و از چه طریقی باید کرامت انسانی مومنین حفظ شده و از زیریوغ استعمار غربی‌ها هم دربیاید. این‌جا است که برخی افراد نقش اساسی و کلیدی خود را ایفاکرده و در مقابل تفکرات التقاطی گروه‌های سیاسی مختلف، مدلی را ارائه می‌دهند که جریانات اینچنینی را با شکستی استدلالی مواجه کرده و السلام را بر کفر و التقاط پیروز می‌کنند.
پس از ۱۵ خرداد فضلای جوان به این فکر افتاده بودند که باید برای مقابله و فعالیت علیه دستگاه حکومت تشکلی ایجاد شود تا پراکندگی‌ها و تصمیمات سلیقه‌ای نامنظم را به حداقل رسانده و جدیت را چاشنی کار کنند. رفته رفته این دور هم جمع شدن‌ها و جلسه گرفتن‌ها نظم خاصی را به خود گرفت؛ به‌طوری‌که برای آن تشکل نامنظم اولیه‌ای که ایجاد کرده‌بودند، اساسنامه‌ای تهیه شده و نام «هیئت مدرسین» بر آن نهاده شد. این هیئت یازده نفره تشکلی بود که با هدف مقابله با گروه‌های مختلف سیاسی تشکیل شده و مبارزه‌ی خود را از این طریق انجام می‌داد.
علامه مصباح یزدی نیز در آن هیئت یازده نفره حضور داشت و مسئولیت بخش تبلیغات و منشی‌گری جلسات را عهده‌دار بود. با گسترش این تشکل، نام آن به «جامعه‌ی مدرسین» تغییر پیدا کرد و با فعالیت‌های متعدد، نیروهای حکومتی را متوجه خودساخته و به پروژه‌ای جدید برای ساواک تبدیل شده بود.
ماجرای شناسایی علامه توسط ساواک نیز به این هیئت بر می‌گردد. بازنویسی اساسنامه بعد از تصویب به خط علامه مزین شده بود و چندین نسخه داشت. یکی از این نسخه‌ها توسط ساواک پیداشده و با تطبیق آن با نامه‌ای که علامه در دوران تبعید امام به منزل قیطریه نوشته بودند، علامه را شناسایی کرده و با سابقه‌ای که ایشان در نشریات بعثت و انتقام داشتند، نهایتا ساواک تصمیم بر تعقیب ایشان گرفت.
یکی از مراکز فعالیت‌های سیاسی در تهران، مسجد جلیلی در نزدیکی میدان فردوسی بود که حاج آقا مهدوی کنی در آنجا اقامه‌ی نماز می‌کردند. علامه مصباح نیز هر از گاهی در کتابخانه آنجا، سخنرانی می‌کرد. بحث علامه در سخنرانی‌ها مربوط به حکومت اسلامی بود.
«در یکی از جلساتی که برای سخنرانی به آنجا رفته بودم، آقایی که اسمش را نپرسیدم و تحقیق هم نکردم، بعد از جلسه آمد و پنهانی به من گفت: من تازه از زندان آزاد شدم. آقای منتظری در زندان هستند و پیغام دادند که به شما و چند نفر دیگر که همان اعضای هیئت یازده نفره بودند بگویم که شما متواری شوید و صلاح نیست که در تهران بمانید.»
به دنبال این پیغام، علامه از تهران متواری شده و سعی کرده به اطراف قم رفته و از آنجا نیز به شهرهای جنوب مسافرتی کند. این جریان پنج-شش ماه طول کشید. نهایتا هم در دهه‌ی آخر صفر، علامه به یزد رفته و مدتی را در منزل یکی از دوستانش سپری کرد؛ بعد هم قرار شد تا به تهران آمده و به صلاح‌دید بعضی از دوستانش، اطراف تهران منزلی گرفته و مدتی را در آنجا بگذراند. با پایان فصل گرما هم، مخفیانه به قم بازگشته و ماجرای بازجویی وی مطرح شد.
«یک روز نشسته بودیم و صبحانه می‌خوردیم که دیدیم کسی زنگ زد. گفت: کسی با شما کار دارد. جلوی در که رفتم گفت: شما چند دقیقه با ما بیایید. ساواک از شما سوالاتی دارد. من برای اینکه خیلی ساده جلوه دهم گفتم: همین الان بیایم یا چند دقیقه دیگر باشد طوری نیست؟ می‌خواهید که همین الان بیایم؟ گفتند: نه، این‌قدر عجله‌ای نیست.»
علامه از همان فرصت کوتاه استفاده کرده و به بهانه‌ی صرف صبحانه، هرچه آثار قلمی از وی بود جمع کرد و به بیرون برد. پس از آن با خونسردی کامل به طرف اداره‌ی ساواک حرکت کرد. طبق روال هر بازجویی ابتدا از علامه معرفی کامل خواسته بودند و پس از دو-سه ساعت، به‌دنبال شناسایی خط ایشان و تطبیق آن با نامه‌های قبلی افتادند.
«آخر کار که می‌خواستم بروم گفت: من سوال دیگری دارم. گفتم: بفرمایید! گفت: یک نوشته‌ای هست که می‌خواهم شما ببینید که این خط کیست؟ خط شما نیست؟ یکی از آن نامه‌ها را آورد که نامه‌ای به خط من بود. روی قسمتی از وسط نامه دست گذاشت و به من نشان داد و گفت: شما این خط را می‌شناسید؟ دیدم خط من است، ولی نفهمیدم چیست. تاملی کردم و گفتم: نه نمی‌دانم. در آخر نیز گفت: بنویس نامه‌ای که با این تیتر شروع شده و با این جمله ختم شده و در شماره فلان ضبط شده، خط من نیست و اگر ثابت شود که این نامه خط من است، من به مجازات قانونی‌اش ملتزم هستم.»
پس از آن دستگیری، منهای یک بار دیگر که ساواک به سراغ علامه رفته و مجددا از وی بازجویی کرد، به‌سبب احتیاط و فعالیت مخفیانه‌‌ی ایشان، تقریبا به مهره‌ای سفید برای ساواک تبدیل شده و فعالیت‌های خودرا بدون مزاحمت عمال رژیم به سرانجام می‌رساندند.
علامه مصباح از همان ابتدا که در جلسات جامعه شرکت می‌کرد، مسئله‌ی پسانهضت را پیش می‌کشید و به بعد از ساقط شدن شاه و روی کار آمدن حکومت اسلامی و طریقه‌ی اداره آن می‌پرداخت. علامه اعتقاد داشت که باید طرح دقیقی از حکومت اسلامی و اجرای قوانین آن باشد و اگر به آن فکر نشود، بعدا به معضلی بدل خواهد شد که جبران‌ناپذیر است.
علامه مصباح یزدی از همان زمان و پس از آشنا شدن با آیت‌الله بهشتی تصمیم گرفتند تا درباره حکومت اسلامی کار تحقیقی انجام دهند. به همین دلیل ابتدا فیش‌برداری از منابع اسلامی و منابع غربی به صورت یک کار پژوهشی انجام گرفت و دبیر آن جلسات هم آیت‌الله مصباح انتخاب شدند.
چیزی که همیشه به فکر آیت‌الله مصباح می‌رسید مهره‌سازی و کادرسازی بوده تا افرادی تربیت شوند که چه در دوران نهضت و انقلاب و چه بعد از دوران انقلاب بتوانند سررشته‌ی کارها را به دست گیرند.
پس از ایجاد جریان‌های التقاطی و نفوذ این افکار در مدارس علمیه از جمله مدرسه منتظریه، علامه مصباح نتوانست تاب بیاورد و تمام سعی خودش را در راه مقابله با این اتفاق کرد و هم‌وغم این مطلب را به دوش کشید. در همین بین از طرف «موسسه در راه حق» به وی پیشنهاد همکاری داده شد. علامه که پیاده‌سازی و اجرایی شدن طرح‌های مقابله با افکار ضداسلامی و همچنین تربیت نیروی تراز را در این موسسه فراهم می‌دید، به تدریج از همکاری با مدرسه فیضیه یا همان حقانی استعفا داد و بخش آموزشی موسسه را تاسیس کرد.
«کاری که می‌توانستم بکنم این بود که آنچه را مربوط به مسائل عقیدتی بود، یکی در خلال درس و در کلاس و دیگر در جلساتی که با مردم و بعضی غیر طلبه‌های مدرسه و سایر طلاب یا قشرهای دیگر مردم، اعم از بازاری و دانشگاهی و… داشتم، مطرح کنم.
علامه مصباح یزدی از مخالفان سرسخت گروهک‌های التقاطی بود و عامل تشکیل امثال این گروه‌ها همچون فرقان را کتاب‌های شریعتی می‌دانست و حتی با استدلال‌های منطقی پیدایش این گروه‌ها توسط تاثیرپذیری توسط کتاب‌های روشنفکرانه را اثبات می‌کرد.