بررسی سند مذکور نشان می دهد که این سند نیز همانند برجام دارای اشکالات و ابهام متعددی بوده که نهایتاً خواسته های جمهوری اسلامی ایران برآورده نخواهد کرد. در ادامه به برخی از این موارد اشاره خواهیم کرد. ۱- -در سند رسمی بازطراحی راکتور اراک زمان مشخصی برای آغاز پروژه مدرن سازی این راکتور مشخص نشده است. در همین رابطه در بخشی از سند آمده است: استقبال از بیانیه مشترک چین، ایران و ایالات متحده آمریکا در مورخ ۲۶ مهر ۱۳۹۴ (۱۸ اکتبر ۲۰۱۵)، با ابراز تمایل نسبت به ایجاد چارچوبی که منعکس کننده تعهد قوی آنان پیرامون پروژه مدرن سازی باشد، با تأکید مجدد بر هدف مشترک آنان در جهت فراهم نمودن مسیری مطمئن برای پروژه مدرن سازی، که نتیجه آن حصول اطمینان از شروع بدون تأخیر پروژه مدرن سازی باشد، تعهدات ذیل را مورد تأیید قرار می دهند همانطور که مشخص است عبارت « شروع بدون تاخیر » یک عبارت کلی و تفسیرپذیر است که و اشاره به زمان مشخصی ندارد. ۲- -در سندی که به امضاء طرفین رسیده است مسئولیت های کشورهای طرف مقابل ایران مشخص نشده و به آینده و تشکیل یک گروه کاری موکول شده است. همچنین درباره تعهدات ۱+۵ کلی گویی شده و مشخص نیست چه فعالیت هایی جزیی و مشخص باید توسط ۱+۵ انجام گیرد در رابطه با این موضوع در بخشی از سند آمده است: ۱+۵، در راستای حمایت از پروژه مدرن سازی اراک، در مجموعه فعالیت هایی مبتنی بر همکاری مشارکت خواهد نمود، و در چارچوب یک گروه کاری، که بر مبنای یادداشت تفاهم فی مابین ۱+۵ تشکیل می شود، پروژه مدرن سازی اراک را متعاقب مشورت با ایران مورد حمایت قرار خواهد داد. همانطور که در متن سند دیده می شود تشکیل یک « گروه کاری » برای « مورد حمایت » قرار دادن پروژه مدرن سازی راکتور اراک در آینده درنظر گرفت شده و مسئولیت های طرف مقابل نیز با به کاربردن عباراتی چون « فعالیت هایی مبتنی بر همکاری»، «مشارکت» و «مورد حمایت» نیز به صورت کلی و تفسیرپذیر آمده و زمان بندی و جزئیات اجرا نیز مبهم می باشد. ۳- مسئولیت های طرف مقابل مشروط به مطابقت داشتن با قوانین داخلی آن کشورها شده است. در همین راستا در بخشی از سند در این رابطه می خوانیم : شرکت کنندگان در گروه کاری، در مطابقت با قوانین داخلی خود، متعهد به ارائه کمک برای بازطراحی و بازسازی رآکتور اراک و آزمایشگاه های فرعی آن به شرح ذیل می باشند همانطور که مشخص است استفاده از عبارت « مطابقت با قوانین داخلی خود » منجر به آن می شود که به راحتی اقدامات مربوط به نوسازی اراک با این استدلال که مطابق با قوانین آن کشور نیست می تواند از سوی این دسته از کشورها به ویژه امریکا نقض شود. ۴- -برخلاف تعهدات طرف مقابل که تفسیرپذیر و کلی است ایران باید برنامه زمان بندی شده خود برمبنای مراحل اصلی نوسازی ارائه دهد و فارغ از جزییات در زمانبندی که مورد تایید کشورهای ۱+۵ هم قرار می گیرد آن را اجرایی کند. در سند منتشر شده نیز در این رابطه آمده است: ایران، در سریع ترین زمان ممکن، برنامه زمان بندی پنج ساله خود، شامل مراحل اصلی را، تدوین و با گروه کاری ۱+۵ در میان خواهد گذارد. گروه کاری سریعاً برنامه زمان بندی ارائه شده توسط ایران را بازبینی و نقطه نظرات خود را به ایران ارائه خواهد کرد. ۵- در صورت اختلاف میان ایران و طرف مقابل، موضوع مورد اختلاف باید به کمیسیون مشترک مراجعه شود که با اجماع تصمیم گیری خواهند کرد و بنابراین از کمیسیون امتیازی عاید ایران نخواهد شد. در این رابطه در سند مدرن سازی راکتور اراک آمده است: اختلافات و نگرانی ها در خصوص اجرای این سند رسمی، از جمله ادعاهای مرتبط با عدم اجراء یا تأخیرهای بی مورد توسط هر یک از طرفین در ارتباط با تعهداتشان را می توان برای بحث و حل و فصل مطابق با برجام به کمیسیون مشترک ارجاع داد. ۶- همچنین سند مدرن سازی راکتور اراک در مواردی نیز با برجام دارای اختلاف و تناقض می باشد. درحالی سند رسمی امضاء شده، کلی و بدون مشخص شدن مسئولیت ها و زمان اجرای مسئولیت های کشور ۵+۱ است که در برجام تاکید شده است که سند رسمی ، متضمن یک نقشه راه بوده و مسئولیت های مشخص هر یک از اعضای ۵+۱ نیز معین شده بود. در همین راستا در متن برجام در ارتباط با ویژگی های این سند می گوید: گروه کاری می تواند با اضافه شدن کشورهای دیگر به جمع مشارکت ایران وگروه کاری بزرگتر شود. اعضای ۱+۵ و ایران اسنادی را امضاء خواهند کرد که در آن به تعهد قوی در پروژه مدرن سازی راکتور اراک قبل از روز اجرای برجام بیان شده است که متضمن نقشه راه برای مدرن سازی راکتورخواهد بود و مسئولیت اعضای ۱+۵ راتعریف می کند و متعاقباً قراردادها منعقد می شود . در بخشی دیگر از برجام نیز آمده است: ایران به عنوان مالک و مدیر پروژه، نقش راهبری را ایفا خواهد کرد و گروه ۱+۵ و ایران قبل از روز اجرای توافق، یک سند رسمی که مسئولیت هایی که اعضای ۱+۵ بر عهده خواهند گرفت را مشخص خواهد کرد، منعقد می کند. همچنین در قسمتی دیگر از برجام آمده است: اعضای ۱+۵ و ایران، پیش از رسیدن به روز اجرا، یک سند که در آن تعهدات محکم آنها در پروژه مدرن سازی اراک بیان شده است را جمع بندی خواهند کرد که یک مسیر مطمئن رو به جلو برای مدرن سازی راکتور فراهم نموده و مسوولیت های به عهده گرفته شده توسط اعضای ۱+۵ بویژه در حوزه های کلیدی نظیر طراحی، بازبینی طراحی و صحه گذاری، ساخت قلب راکتور، طراحی، ساخت و تامین سوخت، ایمنی و امنیت، پسمانداری یا پردازش سوخت مصرف شده، همین طور تامین مواد، تجهیزات و سیستمهای ابزار دقیق و کنترل، و قراردادهایی که متعاقباً منعقد خواهد شد. بخشی دیگر از برجام نیز در این رابطه می گوید: کشورهای مشارکت کننده از گروه ۱+۵ و ایران اقدام به شروع بررسی ها راجع به یک سند رسمی که تا قبل از «روز اجرا» تکمیل خواهد شد، می نمایند که در آن تعهد محکم مشارکت کنندگان گروه ۱+۵ در طرح مدرن سازی نیروگاه آب سنگین اراک مورد تصریح قرار گرفته و مسئولیت هایی که مشارکت کنندگان گروه ۱+۵ بر عهده خواهند گرفت، تعریف می شود. ابهامات و ضعف های مذکور در شرایطی رخ می دهد که مقام معظم رهبری در نامه خود به رئیس جمهور در رابطه اجرای برجام هرگونه اقدام درمورد نوسازی کارخانه اراک را منوط به « قرارداد قطعی و مطمئن درباره طرح جایگزین و تضمین» کرده است و با این شرایط به نظر می رسد سند رسمی بازطراحی راکتور اراک توانایی محقق کردن این شروط را نخواهد داشت.