متن پیام حضرت آیت الله خامنه ای به این شرح است: بسم الله الرحمن الرحیم ارتحال عالم ربانی، استادزاده امام بزرگوار، مرحوم آیت الله آقای حاج شیخ محمد شاه آبادی را به خاندان معزّز و مکرّم شاه آبادی و به همه ارادتمندان و شاگردان ایشان تسلیت می گویم و علو درجات آن روحانی عالیقدر را از خداوند متعال مسئلت می کنم. سید علی خامنه ای ۱۸دی ۱۳۹۰ پیام تسلیت جامعه مدرسین حوزه علمیه قم جامعه مدرسین حوزه علمیه قم نیز در پیامی درگذشت آیت الله حاج شیخ محمد شاه آبادی را تسلیت گفت. در بخشی از این پیام آمده است: «این عالم مجاهد از یاران باوفای امام راحل بود که در طول نهضت به همراه سایر اساتید و اعلام حوزه های علمیه نسبت به امضا و صدور اطلاعیه های مهم علیه رژیم شاه و تثبیت انقلاب اسلامی ایران اهتمام می ورزید.»