از طلاب فاضل مدرسه حقانی است که در دفاع مقدس نیز حضور فعال داشته ، در عملیات های مختلفی مانند نصر ۴، فتح ماووت، والفجر ۸ حضور یافت و پس از آن نیز فعالیت علمی خود را در سنگر حوزه علمیه و معارف دینی ادامه داده، به طوری که جزو مبرزترین شاگردان مؤسسه نخبه پرور امام خمینی قم به مدیریت آیت الله مصباح یزدی بوده است. حجت الاسلام و المسلمین مرتضی آقاتهرانی ، در سال ۷۱ با نظر آیت الله مصباح در قالب یک گروه برای کسب علوم روز راهی غرب می شود و فوق لیسانس خود را در رشته عرفان از از دانشگاه “مک گیل” مونترال از معتبرترین دانشگاه های کانادا می گیرد و سپس به امریکا رفته و از دانشگاه “سونی بینگ همتون” مدرک فوق لیسانس فلسفه غرب می گیرد. وی هم زمان مسئولیت امامت جمعه و جماعت، اداره مؤسسه اسلامی نیویورک را هم به عهده داشته که در این دوره، مؤسسه اسلامی نیویورک در زمان حضور ایشان بسیار زنده و پررونق بوده است. وی با اخذ مدرک دکترای فلسفه عرفان، به فعالیت علمی خود در امریکا پایان می دهد و علی رغم اصرار شدید مردم و برخی مسئولین، مؤسسه را رها کرده و پس از هشت سال به قم باز می گردد که شیوه زندگی زاهدانه او در این شهر نیز نمونه است. دکتر مرتضی آقاتهرانی فعالیت علمی و تربیتی خود را پس از بازگشت به قم در مؤسسه امام خمینی ادامه می دهد و آیت الله مظاهری نیز بر راه اندازی درس خارج فقه به وی تأکید ویژه ای می کند. وی در دوره حاکمیت جریان دوم خرداد نقش ویژه ای در روشنگری و پاسخ دادن به شبهات این جریان علیه نظام اسلامی در محافل دانشجویی ایفا کرد. در دوره کنونی نیز وجهه و شأن اجتماعی و رتبه ی اخلاقی و همینطور، درجات عرفانی او کاملا خودنمایی می کند و مواضع اصولی و منطقی و در عین حال اخلاقی او در قبال رویدادها و چالش ها زبانزد و مورد توجه است. تصوری که در همین جهت ایجاد می شود و انسان را به فکر فرو می برد ، این است که آیا چه دلیل موجهی می تواند موجود باشد که گروهی سعی در تخریب جایگاه اخلاقی و اجتماعی ایشان داشته باشد؟ چرا که سابقه رفتار سیاسی و اجتماعی ایشان و واکنش های عمومی ایشان در پی رخدادها به گونه ای است که به شکل معمول طریق انگیزیشی و چالش بر انمگیزی را نداشته است به هر تقدیر، به نظر می رسد با توجه به معرفت نخبگان و بدنه اجتماعی جریان اصولگرا از افراد برجسته ای مانند ایشان، تخریب ها هیچ عایدی مگر اثر منفی برای تخریب کنندگان در پی نخواهد داشت.